Desde 1835 se elijen todos los cargos anualmente en junta de 31 de diciembre para ejercer durante el año natural siguiente. Los cargos son: un presidente, dos consiliarios, dos secretarios, un bibliotecario, un contador y un depositario. El cargo de depositario es trienal.
Desde los Estatutos aprobados en 1/03/1850 la Junta de Gobierno se renueva por mitad todos los años, siendo la duración de cada cargo de dos años. Desde el Reglamento aprobado en Junta de 28/12/1875 se crean los cargos de vicepresidente y secretario 3º, continúa la renovación anual por mitades a excepción del presidente que se elegirá todos los años.
Desde el Reglamento aprobado en Junta de 29/10/1884, "la Junta de gobierno se compone de un Presidente, dos Vicepresidentes, dos Vocales, un Bibliotecario, un Contador, un Depositario y tres Secretarios, elegidos por la Junta general entre los Socios de número ó de mérito que tengan por lo menos un año de antigüedad en el Ateneo. La duración de los cargos de la Junta de gobierno será de dos años, pudiendo ser confirmados por reelección todos sus individuos. La renovación se hará anualmente por mitades, formándose á este efecto dos grupos; el primero, del Presidente, Vicepresidente 2.°, Vocal 2 °, Bibliotecario, Depositario y Secretario 1.º; el segundo, del Vicepresidente 1.°, Vocal 1.°, Contador y Secretarios 2.° y 3.°".
Desde el Reglamento de 1884 la elección de cargos para la Junta de Gobierno se verificará en la segunda quincena del mes de junio, para ejercer durante el curso académico siguiente.
