En Junta de 28 de diciembre de 1848 se acordó fundir la Sección Segunda (Ciencias Naturales) y la Sección Tercera (Ciencias Matemáticas y Físicas) en una sola. Se modificó el artículo 3º de los estatutos, quedando en los términos siguientes:
“Art. 3º. El Ateneo se divide en tres secciones. 1ª de Ciencias morales y políticas. 2ª de Ciencias naturales, físicas y matemáticas. Y 3ª de Literatura y bellas artes. Todos los socios pertenecerán a una de ellas cuando menos”.

La Sección de "Ciencias Naturales, Físicas y Matemáticas" continuó con esta denominación en el texto de todos los Reglamentos del Ateneo hasta el de 1932. Sin embargo ya desde la década de 1880 en las notas de prensa se la denomina "Sección de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales"

Sección creada en el Ateneo en 1884. Las primeras elecciones fueron el 12/04/1884.
El nuevo Reglamento del Ateneo de 1884 ya establece la Sección de Ciencias Históricas.
Desde el Reglamento de 1884 la elección de cargos para las mesas de Secciones se verificará en la primera quincena del mes de junio para ejercer durante el curso académico siguiente.

Según noticia del diario El Sol de 13/01/1921, pág. 26, un grupo de maestros y profesores miembros del Ateneo de Madrid propone a la Junta general del 15 de enero la creación de una Sección de Pedagogía. Tras su aprobación, en la convocatoria electoral del 13/06/1921 se eligen los primeros cargos de la Sección de Pedagogía, con el propósito de realizar cursos y conferencias pedagogicas para divulgar los progresos de la ciencia de la educación y las necesidadaes de la escuela española (La Libertad, 14/06/1921, pág. 7).
Según el Reglamento del Ateneo, la elección de cargos para las mesas de Secciones se verifica anualmente durante el mes de junio para ejercer durante el curso académico siguiente.

Durante la Segunda República se denominó Banda Nacional Republicana